Отправлено: 12.12.05 14:39. Заголовок: Объединение популяций

Господа, не откажите в помощи.
Не пойму, как поступить в подобной ситуации:
есть у меня на разных машианх и в разное время созданные 4 разных группы амеб. Не родственные друг другу.
Так получилось. Но развивать все 4 - нету ни мощности ни времени.
Каким способом лучше объединить пару групп, т.е. из 10 популяций создать 5, но лучших.
Если я добавляю особь в популяцию, то она помещается в какую-то конкретную популяцию? или по всем разбрасывается? Или как?

 Отправлено: 12.12.05 15:02. Заголовок: Re:

ShinePhantom пишет:

цитата

---

Если я добавляю особь в популяцию, то она помещается в какую-то конкретную популяцию?

---

Добавляется в наиболее родственную (или близкую по генам).

 Отправлено: 12.12.05 17:10. Заголовок: Re:

она помещается в текущую популяцию с заменой 36% амёб туземцев.

 Отправлено: 12.12.05 17:17. Заголовок: Re:

Если сделаешь активной только одну популяцию, то амеба добавится именно в нее.

 Отправлено: 12.12.05 17:18. Заголовок: Re:

НЕКРОМАНТ пишет:

цитата

---

текущую популяцию

---

понятия "текущая популяция" не существует, по моему. Есть понятие "текущая особь". Она то и добавляется в/(скрещивается с) наиболее близкой популяцией.

Или, как уже сказали в единственную.

 Отправлено: 13.12.05 09:36. Заголовок: Re:

Т.е. нет никаких гарантий, что родственная популяция не окажется худшй. А вполне может внедриться в лучшие?
Так, а как оставить только одну акутивную популяцию? Достаточно снять галку? Ничего не произодйет с неактивными популяциями?

 Отправлено: 13.12.05 10:01. Заголовок: Re:

ShinePhantom пишет:

цитата

---

Так, а как оставить только одну акутивную популяцию? Достаточно снять галку? Ничего не произодйет с неактивными популяциями?

---

абсолютно в дырочку
проверено - с неактивными популяциями ничего не происходит. и в файл amebaspopulations.dat сохраняются в полном объеме...

 Отправлено: 13.12.05 15:00. Заголовок: Re:

Думал,что уже разобрался, ан нет
Все-таки, простое добавление при 5 включенных популяцийх в какую из них добавит амебу?

В родственную? Но разве не все равно? Я думаю, что степень схожести ДНК играет роль только при скрещивании. Неужели при добавлении тоже учитывается?

 Отправлено: 14.12.05 03:45. Заголовок: Re:

Теоритически не должно учитыватся для простого добавления, но ведь для генерации следующих поколений нужно скрещивание, а вот тут уже важна родственность. Может я не правильно думаю? И вообще мне кажется что отрубание "ненужных" популяций для добавления в ту, которая вам "нужна" - это в принципе не верно! Ну не зря же была задумка с родственными популяциями, и если при добавлении в "родственную", которая была выбрана автоматически вы сразу не получите идеальной амебы, то можно не сомниваться в ней остался родительский потенциал и она разовьется. А если добавить насильно туда куда бы вам хотелось, то можно испортить и генетический материал и свою "неплохую" популяцию (ИМХО). Удачи.

 Отправлено: 17.12.05 16:12. Заголовок: Кстати

Родственность скрещиваемых популяций необходима для того, чтобы процедура скрещивания прошла наиболее безболезненно для потомка, чтобы он мог унаследовать побольше общих генов от исходных предков и, тем самым, сохранить наибольшую долю их качеств (причём ЛЮБЫХ качеств, ибо мы не знаем, какие гены хороши, какие - нет). Ведь скрещивание - это не простое сложение генов, и механизм скрещивания не знает, какие гены хороши, а какие плохи, чтобы получить наиболее удачное создание! Из исходных [ABCDE] и [ABCDZ] скорее получится что-то вроде [ABCDx], ну а что получится, если исходные [ABCDE] и [VWXYZ] ?! Тут уже на всё воля Всевышнего (то есть - программы и её алгоритма скрещивания, который нам мало известен), и в результате их смешения может получиться как "герой", так и "неудачник".
Именно поэтому я не скрещиваю своих питомцев с неродственными особями, и осторожно скрещиваю их только с родственными и удачными (на мой взгляд!) особями обязательно из их предыдущих поколений. А основным средством улучшения развития считаю наличие правильно подобранной контрольной группы, причём регулярно сменяемой.

 Отправлено: 18.12.05 00:27. Заголовок: Re:

Т.е. занимаешся "крово смешением", считаю что надо смешивать координально разные группы, скещиваю, получаются дауны (жизнь такая), и получаються совсем приличные питомцы.

 Отправлено: 18.12.05 04:58. Заголовок: Re:

Вообще-то, если брать реальную селекцию, то ее действительно получают на основе близкородственного скрещивания - например, тех же породистых кошек и собак выводят именно так. НО! В итоге животное получается весьма уязвимым к ряду болезней + получает свои собственные, генетические, чего нельзя сказать об обычном двортерьере Ну и мозги, соответственно, получаются такие же.

Моя последняя амеба (прошла в третий тур) была получена путем скрещивания лидеров от предыдущих эволюций, т.е. неродственных особей, тем не менее, на мой взгляд, результат получился весьма удачным - посмотрим, что будет по прошествии этак 10000 поколений.

 Отправлено: 19.12.05 11:37. Заголовок: Про близкородственное скрещивание

На самом деле близкородственное скрещивание опасно только в том случае, если исходные особи (одна или обе) имеют какие-либо отклонения в виде скрытых или активных, прогрессирующих или регрессирующих, врождённых или приобретённых болезней. Вот она, причина появления слабых особей. Дело в том, что сегодня человек не может точно знать, заложены ли в его организме какие-либо негативные "отклонения" (а они есть в каждом, только в разных степенях активности: спящие, подавленные, активные и т.д.), поэтому придумана байка об опасности "кровосмешения". Это условие помогает избежать распространения и усиления различных отклонений. Из хорошего добавлю, что не всё передается по наследству через гены, и наследуется не всегда только плохое! Точнее, наследуется почти всё, но проявляется, иногда, только хорошее. Чаще проявляется, конечно, плохое. Генная инженерия позволяет, например, после полного изучения генома, выбирать для оплодотворения и дальнейшего развития только те эмбрионы, в которые не были переданы негативные отклонения родителей. Отсюда вывод: Смешивать разнородственные организмы можно, и даже нужно, но делать это необходимо под строгим контролем и отбором полезного материала. Для этого нужен кропотливый труд: внимательное исследование свойств и способностей исходного материала, создание и развитие множества различных небольших колоний их потомков параллельно с контрольными группами, сравнение результатов и выделение одного или нескольких особей с необходмыми качествами. Целые институты занимаются этими вопросами. У меня нет на это времени и средств, а большая вероятность появления "особи-неудачника" не воодушевляет меня на проведение скрещивания неродственных особей. Ну а цель - "попасть в финальную таблицу победителей" - не является достаточно веским аргументов в пользу проведения такой серьёзной работы. А полагаться на случай я не привык.

 Отправлено: 20.12.05 09:37. Заголовок: Re:

Для облегчения подобных опытов можно было бы разработать метод разведения в "пробирке". Например, берем двух родителей, победители всех победителей. Делаем от них 1000 детишек (без мутаций или с минимумом) и проводим соревнования между детьми + пара родителей по 10 соревнований, к примеру, для объективности. Смотрим на таблицу победителей. Если родители гдето в хвосте туртаблицы, то генматериал отличный для дальнейшей работы. Если выиграли родители... то значит их ветвь эволюции тупиковая. Я просто математик по образованию и не знаю генетических методов, но это самая настоящая артеллерия.

 Отправлено: 20.12.05 09:45. Заголовок: Re:

Не, ну достаточно задать размеры популяции в несколько тысяч особей и итоги смешивания проявятся куда быстрее. Одно дело получить сотню результатов неродственного скрещивания, другой - тысячи три-четыре.

 Отправлено: 20.12.05 13:34. Заголовок: Re:

KaKTooTh пишет:

цитата

---

Для облегчения подобных опытов можно было бы разработать метод разведения в "пробирке". Например, берем двух родителей, победители всех победителей. Делаем от них 1000 детишек (без мутаций или с минимумом) и проводим соревнования между детьми + пара родителей по 10 соревнований, к примеру, для объективности. Смотрим на таблицу победителей. Если родители гдето в хвосте туртаблицы, то генматериал отличный для дальнейшей работы. Если выиграли родители... то значит их ветвь эволюции тупиковая. Я просто математик по образованию и не знаю генетических методов, но это самая настоящая артеллерия.

---

Еще желательно подключить контрольную группу из пары-тройки десятков финалистов прошлых турниров. Для объективности.

 Отправлено: 21.12.05 07:05. Заголовок: Re:

Dimitris пишет:

цитата

---

Еще желательно подключить контрольную группу из пары-тройки десятков финалистов прошлых турниров. Для объективности.

---

... угу. Забыл просто дописать

 Отправлено: 21.12.05 10:18. Заголовок: Re:

У меня была ситуация, когда 25 лидеров популяции из 50 особей содержали одинаковые ДНК всего 3 видов! Было 13 копий совершенно одинаковых ДНК, ещё 11 идентичных копий другой ДНК с отличием от первой группы только в одном звене ДНК, и ещё одна особь, у которой от первой и второй группы отличалось только одно звено!

 Отправлено: 21.12.05 10:31. Заголовок: Re:

===========
Было 13 копий совершенно одинаковых ДНК
===========

Как это было определено? Одинаковые буквы и цвет в названии ещё ни о чем не говорят. Вот если бы сравнивать бинарно файлы амеб - тогда да - при равенстве - и амебы равны.

 Отправлено: 21.12.05 11:32. Заголовок: Re:

Тааак, а за что тогда отвечают буковки?

Я так и знала, что они отличаются, у меня тоже в одной популяции почти все одинаковые по "имени".

Значит, генотип зашифрован не только в "имени"... То-то я думаю, коротковат бы получился.

 Отправлено: 21.12.05 11:57. Заголовок: Re:

McSnail
Буковки означают только только вид популяции и както коррелирует с днк, но это конечно не полный набор.

 Отправлено: 21.12.05 12:17. Заголовок: Re:

SolitaryPilgrim
Неправда, DNA-файл как-то шифруется поэтому две копии одной и той же ДНК - разные фалы

 Отправлено: 21.12.05 12:20. Заголовок: Re:

Да. Шифруются. И размеры разные.

 Отправлено: 21.12.05 12:26. Заголовок: Re:

Кстати, там ведь два набора буковок, латинские и... у меня сначала были типа ___ __ _, потом пробелы, а теперь появляются русские... к чему бы это...

Ведь это же кличка! Выходит, задав кличку, изменяешь и генотип?..

 Отправлено: 21.12.05 13:37. Заголовок: Re:

Нет. Кличку можно менять самому, и это на генотипе не скажется. А название породы самому менять нельзя. В процессе эволюции программа случайным образом меняет и имя, и породу, и по этим изменениям можно грубо оценить, насколько сильно мутировал генотип.

 Отправлено: 22.12.05 04:07. Заголовок: Re:

Dimitris
Dimitris пишет:

цитата

---

В процессе эволюции программа случайным образом меняет и имя, и породу, и по этим изменениям можно грубо оценить, насколько сильно мутировал генотип.

---

Так это что получается эти Букавки в породе не однозначно привязаны к конкретному генотипу. Вопрос в общем вот в чем: две амебы с одинаковым набором буковок теоритически могут иметь разный генматериал? Где то выше в обсуждении было, что людей подозревали в плагиате АМ тк у них одинаковый набор буковок.

 Отправлено: 22.12.05 13:01. Заголовок: Re:

KaKTooTh пишет:

цитата

---

Вопрос в общем вот в чем: две амебы с одинаковым набором буковок теоритически могут иметь разный генматериал?

---

Теоретически могут, но вероятность этого крайне мала. Естественней предположить, что они родственники, тем более что продажа победителей пышно процветает.

 Отправлено: 22.12.05 23:54. Заголовок: Re:

Dimitris пишет:

цитата

---

Теоретически могут, но вероятность этого крайне мала.

---

Я бы дополнил данное выражение фразой "без постореннего вмешательства". Т.к. уже была описана технология выведения любого названия породы.

 Отправлено: 23.12.05 03:04. Заголовок: Re:

По моим наблюдениям Буковки в названии породы больше характеризуют внешние признаки, как то: цвет, цвет, цвет :) , а вообще кардинальных изменений в названии популяции не наблюдается поколения эдак с 1000-го, как и изменения цвета (никаких слекций не провожу)

 Отправлено: 23.12.05 03:18. Заголовок: Re:

Буквы меняются в узком пределе не более 2-3 позиций, если смотреть по латинскому алфавиту, и для его изменения надо несколько тысяч поколений.

 Отправлено: 23.12.05 15:52. Заголовок: Про мутирование и "замену буковок" в ДНК...

В версии 1.4 появилась возможность в "Настройках эволюции" управлять силой и частотой мутаций. Теперь можно выбирать между сохранением основного генотипа с выявлением только редких революционно полезных мутаций, либо сильными мутациями для быстрейшего развития.

 Отправлено: 23.12.05 19:45. Заголовок: Re:

Экспериментируя с настройками я пришел к выводу, что максимальные мутации, как и только половое размножение, не дают никаких эффектов, заводя эволюцию в тупик. Напротив, слабые мутации оказывают довольно эффективное развитие "бойцовских" качеств.

Никто больше не ставил подобных экспериментов?

 Отправлено: 23.12.05 22:40. Заголовок: Re:

Я бы сказал большее, если поставить половое размножение на пополам с мутациями (слабыми), то это приводит к ослаблению амёб.

 Отправлено: 24.12.05 20:18. Заголовок: Re:

НЕКРОМАНТ

Возможно, я не точно выразился - приношу извинения.

Исправляюсь: при стандартных настройках для развития движок "Интенсивность мутаций" я не трогаю, а движок "Частота мутаций" сдвигаю по отношению к стандартному где-то на 1\3 в сторону максимума.
На мой взгляд, при таких настройках амебы развиваются успешнее всего.

 Отправлено: 26.12.05 10:05. Заголовок: Re:

Paul13
Ну вот, опять неопределенность... ранее на этом же форуме было сказано, что выгоднее ставить малые мутации и ждать, ждать, ждать...

 Отправлено: 26.12.05 15:16. Заголовок: Про интенсивность мутаций...

Если считать, что генотип - это набор команд, образующих программу поведения на ринге, то сильные мутации приведут к тому, что, скажем, у боеспособной амёбы вдруг появится какое-то резко отличающееся свойство, например - вместо так пригождавшейся ей компактности она начнёт резко размахивать ложноножками.

И наоборот, при слабых мутациях возможно такое, что полезные свойства будут накапливаться медленно, но верно, каждый раз давая амёбе выжить.

Сильные мутации ведь чем хороши? Тем, что внезапно могут дать преимущество. Но если они слабо состыкованы с остальной программой, то могут превратиться в такое вот "пустое размахивание ложноножками".

Эх, знать бы ещё, чем отличаются сильные и слабые мутации с точки зрения автора программы...

 Отправлено: 26.12.05 15:26. Заголовок: Re:

Тут как-то проскакивало, что первый движок - это вероятность возникновения мутаций при генерации новых амеб, а второй - сила этих мутаций. Подвергаются ли мутациям старые амебы, прошедшие в следующее поколение, не знаю.
Не забывайте, что есть еще и третий фактор - процент обновления популяций.

 Отправлено: 26.12.05 19:28. Заголовок: Re:

KaKTooTh

Верно, было такое. Однако при стандартных настройках оба движка стоят посередине.

McSnail

Совершенно верно. Тут как при игре в "Русскую рулетку": может повезти, а может и нет... Попробовал "задрать" мутации: на этот раз не повезло... Моя амебы выродилась

Dimitris

Ну судя по названиям, так оно и есть: "Интенсивность" - сила и "Частота" - как я понимаю, и есть та самая вероятность мутаций.

 Отправлено: 26.12.05 19:50. Заголовок: Re:

Тут как в садоводстве: сильно обрежешь, деревца загнутся, не будешь подрезать - выродятся.

 Отправлено: 27.12.05 07:40. Заголовок: Re:

... жуть космическая...

Со всем этим набором параметров и учитывая долю случайности, можно говорить только о повышении ВЕРОЯТНОСТИ на успех, ну а тут уже вполне работает принцип неопределенности Гейзенберга. Что касается конкретного приложения, то однозначно можно сказать только то, что фактор случайности, который заложен в приложение есть двигатель эволюции, без которого невозможен был бы прогресс. В отдаленном будущем он будет являться только тормозом для совершенствования, недавая даже на бесконечности итераций идеальный алгоритм для боя АМ.

Сколько людей, столько и теорий по поводу "оптимального" соотношения параметров, потому что у каждого свое вероятностное ветвление. Я даже рад такому разделению мнений. Если бы в турнирной таблице давали бы "возраст" АМ, то можно было бы точнее сформулировать "гипотезу о развитии АМ".

Предварительная гипотеза такова, что существует предел развития инстинктов АМ, а текущий способ совершенствования инстинктов таков что его достигнуть невозможно, причем при переходе через предельное количество поколений АМ достигает "локального совершенства" и все остальные поколения будут иметь лишь небольшие осциляции относительно этой точки. Механизм обмена генофондом делает систему систему совершенства "многомерной" оптимизировать которую становится еще сложнее. Взять, к примеру, "вечный треугольник" АМ1 всегда побеждает АМ2, АМ2 всегда побеждает АМ3, АМ3 всегда побеждает АМ1. Или кто то скажет, что такого не наблюдали у себя??? Вся сложность заключается в оценке "идеального алгоритма".

Вывод: меньше надо думать о работе, когда развлекаешься!!!

 Отправлено: 28.12.05 08:44. Заголовок: Re:

KaKTooTh

Верно, но совсем не думать - тоже плохо
Но что касается треугольника - то я у себя такого не наблюдал... Впрочем, возможно, что у меня просто еще малое количество поколений.

 Отправлено: 01.01.06 15:55. Заголовок: Re:

Сильная мутация - просто больше изменений за один раз.

Насчет треугольника - я надесь, что со временем произойдет качественный скачек - амебы научатся хорошо аналдизировать поведение противника и подбирать наилучший ответ. В природе ведь тоже так: какие-то рыбы соревнуются в скорости и силе, а какие-то приобретают принципиально новые органы для освоения суши Но это происходит далеко не сразу.

 Отправлено: 24.01.06 15:49. Заголовок: Re:

А теперь представим обратный процесс. Появился свободный комп.
Есть активная хорошая вселенная. Запускать эволюцию с нуля не хочется. Лень. Мощности есть, времени нет.
Поэтому возникла идея.
Берется таже вселенная и запускается ее параллельное развитие, но с измененными настройками эволюции.
Через несколько тысяч поколений родственые лидеры скрещиваются между собой.

Как вам такая идея ускорения эволюции?
Амебы и родственные, так что со скрещиванием проблем меньше, и разные. для обеспечения достаточного разнообразия.

 Отправлено: 24.01.06 17:08. Заголовок: Re:

Это навряд-ли

 Отправлено: 25.01.06 04:41. Заголовок: Re:

ShinePhantom
Уже делаю. Что получится посмотрим.

 Отправлено: 25.01.06 08:30. Заголовок: Re:

KaKTooTh

Аналогично, пытаюсь научить стрелять абсолютно нестреляющий вид, да так, чтобы без вырождения

 Отправлено: 27.01.06 22:11. Заголовок: Re:

Ну не могут они использовать тактику 2 родителей одновременно, хоть лопни, один ген всегда оказывается преобладающим

 Отправлено: 27.01.06 22:36. Заголовок: Re:

НЕКРОМАНТ
Да речь не идет о двух разных родителях. Речь об одном, но развивавшемся в немного разных условиях. Для обеспечения необходимого разнообразия генетического материала. Елси просто тупо увеличить количество амеб в популяциях будет примерно тот же эффект.
Однако время обработки увеличится, а не уменьшится

 Отправлено: 27.01.06 22:43. Заголовок: Re:

[ShinePhantom] НЕКРОМАНТ пишет:

цитата

---

Ну не могут они использовать тактику 2 родителей одновременно, хоть лопни, один ген всегда оказывается преобладающим

---

Это зависит от генной структуры.
Если один ген, например, отвечает за тактику в начале боя, а другой - в конце, то вполне возможно.
Только разделение функций по генам не задано изначально, оно еще должно сформироваться в ходе эволюции.

 Отправлено: 27.01.06 23:02. Заголовок: Re:

Amebas Admin

Это не я писал :) Не моя цитата

Приведу пример моей логики :)
Есть те же берсерки. Извиваться извиваются, врукопашную дерутся хорошо, но те же СССР их как убивали так и убивают. Просто потому, что еще и стреляют хорошо
Как заставить амебу, чьи предки жили еще в версии 1.1 стрелять, не испортив умение драться?
Слабо представляю иные варианты.

Взялась таже популяция, настройки перведены на убийственные стрелковые, мутации на сильные, процент обновление 75%, наследование с приоритетом на мутации. Даже при такх настройках потребовалось почти 50 поколений, на тысячеголовой популяции, чтобы просто появились стрелки. Потребовалось еще сотня поколений, чтобы отсеять новообразованных амеб и их потомков (от увеличения числа особей возникших).
На этом этапе неоднократно наблюдались результаты скрещивания исходного вида сновообразованными, в т.ч стрелками - стрелять так и не научились!!!! Но постепенно потомки простых мутаций, без примесей сторонних генов развились до вполне стреляющего вида.
После очередного изменения правил боя и очередной сотни поколений лидера расплодил по исходной популяции.

Итоги: из 5 популяций теперь хотя бы 2 стрелять умеют. Амебы в нужной мне популяции потеряли в коде ДНК с 131 kb до 125. Стреляют оба раза по цели. До хорошей стрельбы еще далеко (пока речи нет о стрельбе на добивание, совсем не точная пока стрельба на опережение), но теперь уверен, что дело поправимое.
После сравнения мутировавшей популяции использованной для вывода стрелков и текущей нормальной - уже не страшно. Казалось, что они отупеют напрочь. Ан нет. Врукопашную дерутся, пусть и не так хорошо, стреляют тоже не очень - зато теперь есть хотя бы перспективы для дальнейшего развития.
Единственный недостаток - некоторая потеря координации движения. Они и раньше передвигались по арене не идеально, а сейчас что-то совсем уже распоясались. до 20% могут потерять.

Главная же проблема: соседняя популяция (от роду стреляющая)- успешно развивалась параллельно и неслабо так мочит моих выводимых "чемпионов". Правда не очень бьет посторонних амёб.


PS За что ж такая незадача, из 5 популяций изанчально оказалось только 1 стреляющая, несмотря на все изменения правил.

 Отправлено: 30.01.06 04:57. Заголовок: Re:

Amebas Admin
К стати о "цитатах" в другой ветке тоже встретил цитату от моего имени, но не с моими словами...

 Отправлено: 15.02.06 19:13. Заголовок: Re:

А еще я подумал что есть смысл сливать гены двух крутых амеб (выведенных к примеру на разных компах.) в отдельной вселенной с одной большой популяцией, КГ и мягким отбраковыванием (процентов десять-пятнадцать). Тогда я думаю поколений через 200 в лидеры должна бы выйти амеба с устоявшейся оптимальной комбинацией генов, а случайности в большей степени будут отсеяны.

 Отправлено: 15.02.06 20:06. Заголовок: Re:

попробуй
чего бы и не сделать
на первый взгляд, смысл есть
хотя... кто знает
по-моему, у тебя просто получится, что в лидеры выбьются потомки более сильной амёбы, немного обогащённые чужими генами

можно просто сделать следующее: в своей вселенной выбрать "отстающую" популяцию и вливать в неё гены остальных популяций - может вкусный винегрет выйдет, то есть получится сильная амёба

 Отправлено: 16.02.06 05:38. Заголовок: Re:

Etanol
Пробую этот винегрет много дней... вкусно :) знаете как обидно когда молодая особь из винегрета бьет десятитысячника который пробился в финал на соревнованиях... не знаю почему, но обидно. Ведь нутром чуюю, что в финал молодая не пройдет тк опыта у нее нет, а лидера бить научилась.

 Отправлено: 16.02.06 08:19. Заголовок: Re:

бить одного лидера и бить многих сильных амёб не одно и то же

надо сильную КГ