Отправлено: 24.11.05 13:46. Заголовок: Несколько вопросов Админу по программе

Вопросы по замене части популяции одной ДНК.
Было сказано, что заменяется в среднем 37% особей. Означает ли это, что этот процент случаен? Если да - каков минимальный и максимальный процент (или дисперсия)?
Какие особи замещаются - случайно выбранные или слабейшие? Имеет ли лидер иммунитет от замены?

Вопросы по скрещиванию.
Скрещиваются ВСЕ особи или тоже некоторый процент?

Вопросы по движкам, определяющим силу мутаций.
Я так понял, что первый движок определяет процент генов, в которых произойдет мутация при скрещивании, а второй - силу этих мутаций. Это так?
Вообще, как происходит скрещивание - просто берется среднее арифметическое байтов каждого гена, или более сложно? И как происходит подбор партнеров для скрещивания?

 Отправлено: 12.01.06 21:30. Заголовок: Re:

пробовал от балды менять буковки в днк файлах - ничего хорошего не получилось

там похоже есть гены и хромосомы, которые присутствуют для массовки и ничего не кодируют


а еще хотелось бы с автора получить "кастратор" амеб

 Отправлено: 13.01.06 03:54. Заголовок: Re:

Etanol
Кастратор уже давно хочется... да вот только ждем пока у автора время появится. Хотелось бы верить, что не получится как с виндовсом - долгое затишье, а потом БАБАЦ И совершенно новая и непонятная версия амебасов. Да и не амебасы это вовсе уже а проект KCT (Kill Computer Time).
Уважаемый автор предложений много, может все-таки выйдет хоть какой нибудь релиз учитывающий предложения.

 Отправлено: 13.01.06 19:47. Заголовок: Re:

Товарищ админ, у меня проблема,я забыл пароль(мой ник-корж),можете выслать на емейл(в профиле корж написан адрес) пароль

 Отправлено: 14.01.06 13:20. Заголовок: Re:

НЕКРОМАНТ пишет:

цитата

---

Прошу мне обьяснить:
1) сила мутаций, если на минимуме- это сколько, и сколько +1%
2)половое размножение - приспосабливается к среде амёба, если только половое размножение?

---

Условно мутации разделяются на сильные и слабые. Можно регулировтаь их соотношение.
Мутации естьвсегда, минимальная их доля, если не ошибаюсь, 1/4

 Отправлено: 14.01.06 14:10. Заголовок: Re:

Понятненько, значит, если стоит на середине сила мутаций, то это означает не средние по силе мутации, а просто 50% сильных и 50% слабых.
А при половом размножении значит, 25% мутаций будет всё равно.
А если поставить размножение только мутации, мутаций будет 100 % или здесь то-же есть ограничения?

 Отправлено: 16.01.06 03:00. Заголовок: Re:

НЕКРОМАНТ
Очень интересная тема. Если минимальные мутации 1/4, то используя линейный закон мы имеем мутации 2/4, 3/4, 4/4
или по формуле:

P/100 * 3/4 + 1/4, где P - ползунок.

????

 Отправлено: 26.01.06 13:23. Заголовок: Re:

Авот это напрасно.Их там куча.

 Отправлено: 26.01.06 23:39. Заголовок: Re:

И еще вопрос по цифрам и фактам к разработчику.

При увеличении цисла амеб в популяции откуда берутся новые? Произвольно создаются? В чем отличие от первоначального заполнения вселенной. Те то были совсем тупые, а эти что-то соображают. Откуда у них способности и умения? По какому принципу?

И обратный процесс - сокращение амеб в популяции. Отсекаются нижние границы? Или опять таки происходит случайная выборка?

 Отправлено: 27.01.06 21:29. Заголовок: Re:

vvp1989 пишет:

цитата

---

У меня вопрос, а дрейф генов (случайное ненаправленное изменение частот аллелей в популяциях малой численности) имеет место? Или есть механизмы его исключающие (или наоборот усиливающие)? Или тип размножения амёб исключает его?

---

Вполне возможен.
Только для поддержания наличия разных аллелей нужны большие популяции или несколько родственных популяциях. В малых популяциях больше вероятность, что один из аллелей исчезнет.

цитата

---

И ещё вопрос. Насколько я понял, у амёб гаплоидный набор хромосом. Это облегчает селекцию (отсутствует явление доминантности или рецессивности). Но возможно ли в ходе эволюции сделать его диплоидным (триплоидным), например как результат ошибки деления клеток. Объясняю зачем: у большинства растений (конечно амёба не растение, но ...), кратное увеличение набора хромосом (диплоидный => тетраплоидный) приводит к увеличению устойчивости к факторам среды.

---

Насколько я понимаю, имеется в виду не устойчивость информации в ДНК, а устойчивость самого организма.
Как я понимаю, у растений такое повыешение связано имено с химической спецификой кодирования информации в ДНК (почему то два гена, кодирующие один и тот же белок повышают устойчивость) Не думаю, что в случае с амёбами будет тоже самое.

Тут, кстати, надо различать что у всех животных и так по две копии каждой хромосомы, но эти копии сцеплены вместе в "двойную спираль"
За счет этого происходит восстановление поврежденных участков одной из хромосом, а также удвоение набора хромосом при размножении. Вторая хромосома достаривается на одной из половинок, как на матрице.
Для копирования цифровых кодов иметь такой спаренный набор данных не обязательно.

А под удвоением набора хромосом у растений подразумевается, насколько я понимаю, именно удвоение количества пар хрмомсом.

У амеб есть механизм, оталенно похожий на это: может образоваться новый ген, являющийся копией уже существующего.

 Отправлено: 27.01.06 21:33. Заголовок: Re:

ShinePhantom пишет:

цитата

---

При увеличении цисла амеб в популяции откуда берутся новые? Произвольно создаются? В чем отличие от первоначального заполнения вселенной. Те то были совсем тупые, а эти что-то соображают. Откуда у них способности и умения? По какому принципу?
И обратный процесс - сокращение амеб в популяции. Отсекаются нижние границы? Или опять таки происходит случайная выборка?

---

Добавляются случайные, обычно они сразу вытесняются в следующих поколениях потомкаи уже развитых соседей по популяции.
При уменьшении размера удаление идет с конца.

 Отправлено: 27.01.06 21:34. Заголовок: Re:

Просьба всем как-то более структурированно выбирать тему для поста, а то что-то в этой теме уже совершенно разные вопросы в перемешку обсуждаются...

 Отправлено: 28.01.06 18:27. Заголовок: Re:

1)Хотелось бы понять каким образом амеба определяет ситуацию в которой находится, какие принципы заложены в этот процесс, хотя бы в общих словах если это конечно возможно.
2)Что из себя представляет ДНК и откуда он берется для вновь созданной амебы
3)И вообще хотелось бы знать все, что конечно можно сказать по принципам функционирования этой программы. (Не для коммерческих целей, а чисто из научного интереса)

 Отправлено: 28.01.06 19:42. Заголовок: Re:

1. Амёбам доступны для обработки координаты своих и чужих узлов, а также все другие параметры текущего состояния битвы. Таким образом, они "видят" игровое поле как бы сверху, как и человек.

2. Генетический код амёб состоит из нескольких хромосом, хромосома - это последовательность генов, а гены представляют собой набор команд на специальном генетическом языке

3. Да вроде в общех чертах все описано. Все на самом деле достаточно просто. Наследственность - потомки наследуют признаки родителей. Изменчивость - гены потомка могут подвергаться мутациям (просто случайным изменениям), а также могут возникнуть новые комбинации генов родительских наборов при половом размножении. Отбор - проводится серия соревнований, в которых определяется рейтинг каждой амёбы. Слабые амёбы погибают, а сильные получают возможность размножаться.

 Отправлено: 28.01.06 20:05. Заголовок: Re:

Прошу прощения за назойливость, но в превой части вопроса я имел в виду то как амеба на программном уровне отделяет одну ситуацию от другой? Хотябы в нескольких словах.

 Отправлено: 28.01.06 22:22. Заголовок: Re:

Amebas Admin пишет:

цитата

---

Амёбам доступны для обработки координаты своих и чужих узлов, а также все другие параметры текущего состояния битвы. Таким образом, они "видят" игровое поле как бы сверху, как и человек.

---

Доступны ли амебе параметры противника?
Цвета, имя породы? (возможны ли в мире амеб "боевая раскраска" и "мимикрия"?)
Состояние здоровья, количество пуль?
Что еще доступно? Скорости узлов противника (или может только высчитать сгенерированным кодом на основании положений противника)? Внутренняя информация противника (количество поколений, кол-во генов, итдитп)?
Параметры игры (номер хода, размеры повреждений, управляющих сил, итдитп)?

assmer пишет:

цитата

---

превой части вопроса я имел в виду то как амеба на программном уровне отделяет одну ситуацию от другой? Хотябы в нескольких словах.

---

Александр, как программиста меня интересует способ формирования управляющих сил? т.е. каким образом имеется переменное количество узлов и как-бы независящий от этого геном? полярные системы координат? можешь привести набор комманд амебного ассемблера для формирования сил (семантику и аргументы)?

 Отправлено: 29.01.06 13:05. Заголовок: Re:

Доступны только параметры, непосредственно влияющие на битву.
То есть координаты, скорости, число ходов, запас пуль, здоровье.
Раскраска и тп на ход битвы не влияет не учитывается.
Управляющие силы, правда, тоже не доступны (это как бы секретный план врага, который человек тоже не должен видеть)

Все эти данные могут подвергаться разнообразной обработке, и таким образом формируется ответный план.

Есть специальные переменные, где суммируются вектора сил. Ко всем векторам может быть добавлено одно значение, или же может быть изменен вектор только для одного узла. При этом используется указатель на обрабатываемый в данный момент узел. Этот указатель можно заставить указывать на фиксированный узел, или же выбрать узел исходя из определенных уловий, например, ближайший к какой-то точке. Кроме того, можно циклически сдвигать указатель на соседний узел и т.п. Таким образом, если алгоритм правильно работает для одного количества узлов, то для для другого количества узлов те же команды могут относиться к другим узлам. То же и с телами. Если включена простая игра, то одно тело амёбы испольняет команды, которые относились бы одновременно к разным телам при двойной игре.

 Отправлено: 29.01.06 23:51. Заголовок: Re:

Дело в том что я занимаюсь чем то похожей проблемой и пока, никак не могу придумать, как моей программе различать одну сложившуюся ситуацию от другой так что бы похожие ситуации попадали в одну группу и устройство реагировало на них одним образом а принципиально другие ситуации попадали в другую группу. В этой программе видимо как то удалось решить эту проблемму вот я и хотел поинтересоваться у автора, как это удалось, хотя бы общую идею.

 Отправлено: 30.01.06 05:13. Заголовок: Re:

Amebas Admin
Фильтр Калмана?

 Отправлено: 30.01.06 10:17. Заголовок: Re:

assmer - мне интересно узнать подробнее о постановке задачи, поставившей тебя в тупик.
Пиши мне на leugene@ts.transtelecom.md - обдумаем твою проблему вместе.

 Отправлено: 04.02.06 13:51. Заголовок: Re:

KaKTooTh пишет:

цитата

---

Фильтр Калмана?

---

Да нет, я же говорю, никаких готовых алгоритмов не применялось. Есть только кирпичики, из которых амебы уже могут развить свои собственные методы. Может, у кого-то и такое разовьется.

 Отправлено: 04.02.06 14:30. Заголовок: Re:

Amebas Admin

тоесть, если я вас правильно понял, вы хотите сказать, что и алгоритмы классификации различных ситуаций амебы в процессе эволюции вырабатывают сами?

 Отправлено: 04.02.06 20:19. Заголовок: Re:

Да. Наличие заранее предусмотренных алгоритмов распознования ситуаций могло бы конечно значительно ускорить развитие в начале, но в отдаленной перспективе вряд ли стоило ожидать что-нибудь интересное.

 Отправлено: 05.02.06 14:36. Заголовок: Re:

не кажется ли вам уж больно подозрительным что за 200 - 300 случайных мутаций у глупых амеб появляется вполне осмысленное поведение, не применяет ли автор каких нибудь исскуственных методов?

 Отправлено: 05.02.06 15:02. Заголовок: Re:

Развитие главным образом происходит за счет естественного отбора и полового размножения. Т.е. неприспособленные особи отсеиваются, а лучшие производят потомство и через 200-300 поколений (даже без мутаций) могут появится амебы с впоне осмысленным поведением.

 Отправлено: 05.02.06 18:24. Заголовок: Re:

мне например тоже кажется это удивительным, либо гены должны быть очень малы с небольшой степенью свободы для мутаций, но тогда особо разумного поведения ждать не пришлось бы, либо надо применять какие то исскуственный методы наталкивающие амебу на правильные действия, но тогда это была бы уже вовсе не эволюция

 Отправлено: 06.02.06 05:28. Заголовок: Re:

assmer
Ребята! А по моему все весьма прозрачно и просто. Вы просто подсчитайте сколько АМ (с вашими, например, настройками) сменяется за 300 поколений (с рассчетами могу помочь если кому надо) так вот это АМ со случайными отклонениями, которые на каждом шаге тестируются и отбираются лучшие. Чего тут не понятного? Тут самое главное это МЕХАНИЗМ ОТБОРА а вот это уже прерогатива селекционера (и рандомайзера). Лично я не на секунду не усомнился в словах автора, что нет заранее заложенных алгоритмов для боя и все что мы видим исключительно процесс эволюции некоторого абстрактного алгоритма битвы.

 Отправлено: 06.02.06 05:37. Заголовок: Re:

Amebas Admin
Что касается моего вопроса о фильтре, то я просто имелл ввиду обработку поведения. Когда речь зашла о том, что амебе изввестен набор надачльных данных (положение и тд) и результатом после обработки этих данных некоторым "абстрактным алгоритмом" АМ формирует управляющие силы. Мне в голову пришла возможность реализации подобной обработки на основе итерационных процессов построения модели движения. Например, на каждом шаге АМ имеет очередную (или одну из набора) матрицу "поведения". Начальные положения, наличия пуль, это вектор начального состояния а матрица его преобразовывает в вектор управляющих воздействий. ... :) немного размечтался... описанная схема не противоречит (вроде) всему тому о чем Вы говорили на форуме... вот я и подумал. Дело в том, что сейчас сам "столкнулся" с фильтром, думал мож обменяемся знаниями :) :)

 Отправлено: 06.02.06 10:19. Заголовок: Re:

KaKTooTh

расчет простой, предположим что в гене примерно 100 команд вообще полный набор языка состоит из 10 команд (хотя их наверное больше) получается что всевозможных комбинаций 10^100 из них более менее нужных комбинаций в милионны раз меньше, а теперь учтем что разумное поведение обеспечивается совокупностью генов и число комбинаций существенно возрастает. и число 300 и даже 300*50 кажется очень незначительным
Я не обвиняю автора в том что он как то обманывает народ, но просто может чего то не договаривает, либо просто используется какой то очень хитрый алгоритм отбора, например как то анализирующий качество поведения конкретного гена.
А если мне не веришь попробуй в матлабе построить модель где требуется подобрать эволюционными методами хотя бы один параметр и увидишь сколько на это понадобится времени, а при увеличение числа параметров время существенно возрастает.

 Отправлено: 07.02.06 03:42. Заголовок: Re:

assmer
В матлабе значит... думаю, что в правдивости и откровенности автора все же сомниваться не нужно :) Скажу лишь, что успех подбора параметров эволюционным методом сильно зависит от способа оценки "успешности подбора". Если Вы говорите об подборе, например, корней уравнения жуткой структуры, в котором неизвестно даже количество корней, то эволюционный метод... мягко говоря малоприменим из-за дикой неустойчивости. А вот эмулировать АМ в матлабе для проверки :) увольте.

И к стати про время подбора... У меня уже 2.5 месяца работает достаточно мощный комп. И за это время просчитал по грубым прикидкам
45.360.000 АМ боев. При этом было 9200 итераций обновления по 30% от 500 АМ (5 х 100 ), итого: был отбор из 1.380.000 вариантов Амеб. Результатом является всего один лидер.

А кому сейчас легко :) :) ???

 Отправлено: 07.02.06 03:50. Заголовок: Re:

Amebas Admin
Может быть уважаемый автор приведет часть дизассемблерованного кода ДНК амебы (хотябы маленькую) станет еще более понятен механизм: как же АМ принимает решения в бою. Ну или не дизассемблер, а алгоритм (кирпичики). Примеры кирпичиков их количество. И еще. Интересно, могут ли появляться совершенно новые кирпичики или их набор известен и ограничен?